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L'histoire de cette distribution Linux est généralement peu connu. Tout commence pourtant en 1995, lorsque la société RedHat est fondée. Son objectif est de fournir un système stable basé sur Linux ainsi qu'un service de support. RedHat sortira donc durant plusieurs années un système d'exploitation appelé RedHat Linux. Neuf versions majeures virent le jour jusqu'en 2003, année où RedHat décide de réorganiser sa gamme de produit. La fin de RedHat Linux est annoncé. Cette dernière est alors remplacée par RedHat Entreprise Linux, distribution Linux pour serveur ou bureau à destination des entreprise, accompagné d'un support. Le Projet Fedora existait depuis quelques mois et sa vocation était de fournir des paquetages pour RedHat Linux. A la nouvelle de l'abandon de RedHat Linux, le Projet Fedora se vit demander de prendre en charge la continuité de RedHat Linux. Projet communautaire et ouvert aux contributeurs extérieurs, son objectif est de fournir une distribution Linux intégrant des logiciels très tôt dans leur cycle de développement, afin d'accélérer leur intégration. A cette époque et sans aucun recul, l'annonce de RedHat fut mal comprise par la communauté linuxienne. En effet, cela signifiait pour beaucoup l'abandon d'une distribution "grand public" par RedHat.

Il n'en fut rien. Le Projet Fedora est en effet sponsorisé par RedHat. De plus, de nombreux employés de RedHat travail activement sur Fedora et l'utilise tous les jours à leur travail. Enfin, les postes majeurs de la direction du Projet sont rémunérés par RedHat. A la vue de cette situation, il semble difficile de dire que Fedora et RedHat ne sont pas intimement liés. Pour autant, la plus grosse part des contributions au Projet est faite par des contributeurs qui ne sont pas employés par RedHat.

Le nom Fedora vient du nom du dépôt de logiciels tiers pour RedHat Linux. Un Fedora est un chapeau, et de surcroît celui que porte le logo de RedHat, ShadowMan. 
En juillet 2005, RedHat voulu créer une Fondation Fedora. Son objectif était de gérer le développement de la distribution et sa diffusion. Elle aurait également du gérer les brevets liés aux technologies développées par le Projet Fedora. Cette fondation n'a jamais vu le jour cependant, mais a laissé la place à l'Open Inventive Network qui s'occupe depuis d'acheter des brevets logiciels pour les mettre à disposition de la communauté du logiciel libre. Un comité de pilotage fut alors mis en place pour gérer le l'organisation du projet. Celui-ci est composé de 9 membres, dont 4 sont nommés par RedHat, 4 sont élus par la communauté des contributeurs du Projet Fedora. Un 9ème membre, nommé par RedHat, est à la tête du Comité de pilotage. Le Projet Fedora est ensuite organisé en sous-projets, dont chacun d'eux s'occupe d'un aspect précis du Projet du développement de la distribution. Par exemple, le Projet Infrastructure s'occupe de gérer les sites web et les serveurs du Projet. Le Projet Documentation s'occupe de la documentation officielle de la distribution. D'autres encore, s'occupe du marketing, de la traduction, de l'identité visuelle de Fedora.

Peu avant la sortie de Fedora Core 5, le Projet Fedora fait appel à ses contributeurs pour trouver un logo à Fedora. C'est le logo actuel qui fut choisi, notamment parce qu'il exprime bien les idées principales du Projet Fedora :












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